Ho appena provato a testare questo con Discourse Version - 2.9.0.beta3, tuttavia, non sono stato in grado di riprodurre il problema.
In particolare, ho impostato un gruppo di tag con impostazioni simili a quelle che hai descritto, ovvero - “I tag sono visibili a tutti, ma solo i seguenti gruppi possono usarli” e poi ho selezionato due gruppi e ho cliccato su Salva.
Dopo il ricaricamento, entrambi i gruppi erano visibili e, facendo clic sul menu “I tag sono visibili a tutti…”, entrambi i gruppi potevano essere deselezionati.
Ho utilizzato Chrome Version 99.0.4844.84 per accedere a Discourse, e ho anche testato con un altro amministratore sul sito utilizzando Firefox 91.7.1esr e ancora non sono stato in grado di riprodurre il problema.
Spero che questo aiuti a fornire alcune informazioni su questo bug.