Acabei de tentar testar isso com o Discourse Versão - 2.9.0.beta3, no entanto, não consegui reproduzir o problema.
Especificamente, configurei um grupo de tags com configurações semelhantes às que você descreveu, ou seja - “As tags são visíveis para todos, mas apenas os seguintes grupos podem usá-las” e, em seguida, selecionei dois grupos e cliquei em salvar.
Após recarregar, os dois grupos ficaram visíveis e, ao clicar no menu “As tags são visíveis para todos…”, ambos os grupos puderam ser desmarcados.
Usei o Chrome Versão 99.0.4844.84 para acessar o Discourse e também testei com outro administrador no site usando o Firefox 91.7.1esr e ainda assim não consegui reproduzir o problema.
Espero que isso ajude a fornecer algumas informações sobre este bug.