Acho que o número de notificações deve desaparecer assim que eu clicar para vê-las; não deveria fazer diferença se eu as abri ou não.
Para facilitar, posso explicar o dilema psicológico que surge devido ao comportamento atual.
Se a equipe ainda não estiver convencida, pense no Facebook, Google, LinkedIn e em todos esses grandes nomes. Por exemplo, se você receber +99 notificações do Gmail, o contador será redefinido assim que você clicar, mesmo que a paginação permita mostrar apenas 10 notificações por vez.