Actualicé manualmente el archivo plugin-utilities.php para leer desde categories.json y no desde site.json, y luego actualicé para asegurarme de que leyera el objeto json correcto (en site.json, las categorías son de primer nivel y en categories.json son de segundo nivel).
Sin embargo, tengo 49 categorías y solo 33 aparecen en categories.json.
Así que, por ahora, simplemente agregué manualmente la categoría que quería y que faltaba.
Todavía no estoy seguro si esto es un problema de max_category_nesting=3, pero incluso si no lo es, creo que en el futuro la consulta de categorías de wp-discourse desde categories.json podría ser más fluida.