Sì, penso che il passaggio su un sito già esistente comporterà alcuni svantaggi. Soprattutto per questo tipo di siti. 
Per sovrascrivere quello predefinito penso che avresti bisogno di un plugin [ETA non è vero, vedi post qui sotto] (ma penso che lo stesso valga per la disattivazione delle notifiche). Non sono modificabili nell’interfaccia utente poiché penso sia facile per le persone fare danni reali al proprio sito con uno modificato male. La sql del badge personalizzato è dietro un’impostazione del sito nascosta come ulteriore salvaguardia.
Penso che anche una richiesta di funzionalità simile sia già emersa in passato, il che può aggiungere più peso ad essa:
(Potrebbero essercene anche altri)
Un’impostazione nelle preferenze dell’utente simile a quella ‘Notifica quando mi piace’ potrebbe funzionare e mantenere la semplicità. Qualcosa come ‘Notifica quando viene guadagnato un badge’ - mai | la prima volta che viene guadagnato un badge | sempre