Você tem muita memória swap, mas uma grande parte já está em uso. Como uma configuração de dois contêineres tem menos tempo de inatividade, talvez seja verdade que a invocação atual do servidor ainda esteja em execução e tenha acumulado muito uso de memória, talvez devido a um vazamento.
Talvez uma reinicialização ajude, antes da atualização. Talvez meça o uso da swap antes e depois da reinicialização.