У вас много swap-памяти, но значительная её часть уже используется. Поскольку конфигурация с двумя контейнерами обеспечивает меньшее время простоя, возможно, текущий экземпляр сервера всё ещё работает и потребляет много памяти, возможно, из-за утечки.
Возможно, перезагрузка перед обновлением поможет. Попробуйте измерить использование swap-памяти до и после перезагрузки.