La única vez que he tenido problemas con reinicios después de un arranque es si cambié de app.yml a web_only.yml y olvidé destruir el contenedor app. Realizo actualizaciones y reinicios de Docker regularmente sin ningún problema con los arranques automáticos. Para tu información, no he visto a nadie más preocupado por esto en los últimos 5 años. A menos que tengas algo en juego que no sepa, ¿quizás simplemente no te preocupes por ello?