A única vez que tive problemas com reinicializações após um boot foi se eu mudei de app.yml para web_only.yml e esqueci de destruir o container app. Eu faço upgrades e reinicializações do docker regularmente sem nenhum problema com os autostarts. FWIW, eu não vi ninguém mais preocupado com isso nos últimos 5 anos. A menos que você tenha algo em jogo que eu não saiba, talvez não se preocupe com isso?