Gracias Jay
Pude reconstruir y volver a poner mi sitio web en línea.
Primero, como sugeriste, la solución es reindexar, arreglar y repetir hasta que termine. Usé el siguiente comando para ver cuántos
SELECT username_lower, count(*) from users GROUP by username_lower HAVING count(*) > 1;
me devolvía cero.
Por supuesto, hay muchos duplicados y quería saber cuántos. Así que ajusté ligeramente la consulta:
SELECT username_lower, count(username) from users GROUP by username_lower HAVING count(username) > 1;
Esto funcionó y devolvió alrededor de 50 duplicados, así que los arreglé, reindexé y reconstruí con éxito.