Obrigado, Jay.
Consegui reconstruir e colocar meu site online novamente.
Primeiro, como você sugeriu, a solução é reindexar, corrigir e repetir até terminar. Usei o seguinte comando para ver quantos:
SELECT username_lower, count(*) from users GROUP by username_lower HAVING count(*) > 1;
ele estava me retornando zero.
Claro, existem muitos duplicados e eu queria saber quantos. então ajustei ligeiramente a consulta:
SELECT username_lower, count(username) from users GROUP by username_lower HAVING count(username) > 1;
Isso funcionou e retornou cerca de 50 duplicados, então eu os corrigi, reindexei e reconstruí com sucesso.