A menos que esas tablas tengan claves foráneas hacia las tablas principales de Discourse, lo cual puede impedir la eliminación de datos en esas tablas.
Sin embargo, ese problema no es algo que pueda ser detectado de manera fiable por otra herramienta. El plugin que establece esas relaciones debería o bien no crear claves foráneas, o bien Discourse debe proporcionar una forma para que los plugins registren un método para “desactivarlas” cuando desaparezcan de la instalación.