A menos que essas tabelas tenham chaves estrangeiras para tabelas principais do Discourse, o que pode impedir a exclusão de dados nessas tabelas.
Mas esse problema não é algo que possa ser detectado de forma confiável por outra ferramenta. O plugin que cria essas relações deve ou não criar chaves estrangeiras, ou o Discourse precisa fornecer uma maneira para que os plugins registrem um método para “desativá-las” quando desaparecerem da instalação.