Estive analisando esse problema há algum tempo. Para evitar que os PNGs sejam convertidos em JPGs, você também precisa definir a configuração recompress original jpg quality para 100. Há mais detalhes sobre o problema aqui: Why default to converting PNG to JPG? - #18 by simon.
Avise-nos se fazer essa alteração não resolver o problema para você. Acredito que, idealmente, uma única configuração controlaria esse comportamento. Se isso não for possível, precisaremos atualizar as descrições das configurações para deixar claro como evitar que os PNGs sejam convertidos em JPGs.