Se você planeja usar o Cloudflare, precisará usar os servidores de nomes deles. Você pode especificar isso no painel de administração deles.
O Cloudflare possui um assistente que deve guiá-lo pelo processo.
Também é recomendável verificar se o subdomínio está configurado corretamente no Cloudflare após a configuração dos servidores de nomes.