テーマ設定の UI は Discourse コアに共通しているため、コンポーネント自体でその設定を改善することはできません。もっと直感的になるか、将来的には検索可能なリストを動的に生成する機能が付くことをぜひ実現したいと考えています。
ローカル変更の通知については、Edit CSS/HTML ボタンを使用して何かを変更していない限り、警告が表示されるべきではないと思います。Discourse の古いバージョンをお使いではありませんか？その挙動は FIX: copy local theme changes to correct temp folder when diffing upd… · discourse/discourse@5cf5e73 · GitHub で修正されたはずです（cc @pmusaraj）