Ich würde ein Backup nur der Datenbank empfehlen und rsync verwenden, um alles andere zu übertragen. Eine Discourse-Website mit rsync auf einen anderen VPS übertragen. Du kannst auch die SSL-Zertifikate mit rsync übertragen, damit du die neue Website hochfahren kannst, bevor du die DNS-Einträge änderst.
So mache ich es: Changing Digital Ocean droplets with doctl (resize, floating ip, rename, etc) - Howto - Literate Computing Dashboard
EDIT: Entschuldigung. Ich kann nicht sagen, ob du dein Problem gelöst hast oder nicht. Wenn ich es richtig verstehe, ist das Einfachste, auf die Standard-Vorlage ohne Versionsnummer zurückzuschalten und erneut aufzubauen.