Recomendaría hacer una copia de seguridad solo de la base de datos y usar rsync para mover todo lo demás. Mover un sitio de Discourse a otro VPS con rsync. También puedes usar rsync para transferir los certificados SSL, de modo que puedas poner en marcha el nuevo sitio antes de cambiar el DNS.
Así es como lo hago yo: Changing Digital Ocean droplets with doctl (resize, floating ip, rename, etc) - Howto - Literate Computing Dashboard
EDICIÓN: Perdón. No sé si ya has resuelto tu problema. Si lo entiendo bien, lo más fácil es volver a la plantilla predeterminada, sin versión, y volver a compilar.