フォローアップです。Sam が提案したように、vendor/assets/javascripts/markdown-it.js 内の defaultOptions で fuzzyLink を false に設定すると、私の問題が解決するようです。しかし、そうすると毎回アップデートのたびに手動でその変更をやり直す必要があり、大きな頭痛の種になります。
その後、よりシンプルな解決策を見つけました。markdown linkify tlds 設定は、ファジーリンクによって URL とみなされるトップレベルドメイン（TLD）のリストです。このリストからすべての TLD を削除し、投稿に絶対に現れないような偽の TLD を 1 つだけ追加すれば、実質的に fuzzyLink を無効化できます。リストには少なくとも 1 つの TLD が必要で、そうでないと、. で終わるものがすべてリンクとして扱われてしまうようです。
つまり、コードの変更は不要で、設定から実在の TLD を削除して偽の TLD を追加することで fuzzyLink を無効化できます。