¡Hola Cate! Esta es una parte normal de la actualización y es bastante corta. Sinceramente, no me preocuparía demasiado por el SEO, pero podrías informar a tus miembros que actualizas con frecuencia para que sepan que deben volver más tarde si el sitio parece caerse por unos minutos mientras actualizas.
Además, si actualizas desde la interfaz de usuario (UI), el sitio permanecerá mayormente disponible durante la actualización.
Hay un truco para mostrar una página de “en mantenimiento” mientras se actualiza, pero no lo recomiendo.