Ehm… 
Olvidé la parte de Nginx (Discourse). ¡Gracias! 
Acabo de editar app.yml y ejecuté una reconstrucción en el contenedor. El bot regresó casi instantáneamente después de que el contenedor volvió a estar en línea. Aún no veo ningún error 429. Espero que siga así para los usuarios “normales”.
Esa es la cuestión… Cuando reviso la página de administración de los usuarios, siempre vi diferentes entradas de “última IP”. Así que de alguna manera Discourse vio las IPs reales de los usuarios, incluso sin mod_remoteip y también sin el cambio de configuración de Nginx. 
De todos modos, ¡tengo curiosidad por ver si el cambio de configuración de Nginx trajo la solución a este problema!