Ehm… 
J’ai oublié la partie Nginx (Discourse). Merci ! 
J’ai juste modifié app.yml et relancé une reconstruction du conteneur. Le bot est revenu presque instantanément après le redémarrage du conteneur. Je ne vois pas d’erreurs 429 pour le moment. J’espère que cela restera ainsi pour les utilisateurs « normaux ».
C’est ça le truc… Quand je vérifie la page d’administration des utilisateurs, je voyais toujours des entrées différentes pour le « dernier IP ». Donc, d’une manière ou d’une autre, Discourse voyait les vrais IP des utilisateurs, même sans mod_remoteip et sans le changement de configuration Nginx. 
Quoi qu’il en soit, je suis curieux de voir si le changement de configuration Nginx a apporté la solution à ce problème !