OSが古いですか?
いくつかのgitファイルを書き込めないという奇妙なエラーが発生しています。
新しいVMが最善策でしょう。バックアップからの復元が最も簡単ですが、Discourseサイトをrsyncを使用して別のVPSに移動することもできます。