Устарела ли ваша ОС?
Появляется множество странных ошибок, связанных с невозможностью записи некоторых файлов git.
Вероятно, стоит создать новую виртуальную машину. Проще всего восстановить из резервной копии, но вы также можете перенести сайт Discourse на другой VPS с помощью rsync