por curiosidade - por que você precisa criar um fork de algum dos plugins oficiais?
De qualquer forma, em app.yml você pode executar um comando para deletar o diretório específico do plugin e então clonar o seu, se você realmente precisar, por exemplo:
<in after_code: somewhere >
- exec:
cd: $home/plugins
cmd:
- rm -r poll
- exec:
cd: $home/plugins
cmd:
- git clone https://github.com/myaccount/myplugin-replacement.git
Você pode conseguir fazer isso, mas verifique:
<in after_code: somewhere >
- exec:
cd: $home/plugins
cmd:
- rm -r poll
- git clone https://github.com/myaccount/myplugin-replacement.git
Eu não fui muito cuidadoso com os espaços - certifique-se de que a indentação esteja perfeita.