El comportamiento es diferente según el método de selección.
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Seleccionar contenido antes y después: captura todo el markdown y conserva las comillas invertidas.
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Seleccionar la línea manualmente arrastrando el ratón solo selecciona el texto, por lo que no conserva las comillas invertidas.
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Seleccionar la línea completa haciendo triple clic con el ratón: selecciona todo el texto de la línea + elementos invisibles de envoltura como etiquetas HTML. Por lo tanto, se conservan las comillas invertidas.
No estoy seguro de si se puede solucionar, o no fácilmente, ya que parece depender más de cómo el sistema operativo o el navegador realiza la selección. Pero no soy desarrollador. 