Si tienes espacio en disco, ciertamente vale la pena agregar, digamos, 2G de swap.
Lo otro que debes hacer es monitorear el uso mientras se ejecuta tu trabajo grande. Usaría vmstat 5 5 y quizás registraría en un archivo. Esperas no ver valores grandes en las columnas si o so, y no ver que la columna swpd se acerque al tamaño de tu swap.
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(Parece posible que el sistema de bases de datos se esté quedando sin algún recurso, pero no sé nada al respecto).