Если у вас есть место на диске, определенно стоит добавить, скажем, 2 ГБ подкачки.
Еще один шаг — следить за использованием ресурсов во время выполнения большой задачи. Я бы использовал vmstat 5 5 и, возможно, выводил бы данные в файл. Вы надеетесь не увидеть больших значений в столбцах si или so, а также не допустить, чтобы значение в столбце swpd приблизилось к размеру вашей подкачки.
Возможно, стоит посмотреть этот пост:
(Возможно, система базы данных исчерпывает какой-то ресурс, но я ничего об этом не знаю.)