Der “unterstützte” Weg ist, die Plugins über die Admin-Oberfläche zu deaktivieren.
Du kannst sie natürlich auch im Dateisystem löschen, und es wird “wahrscheinlich” funktionieren (wie du sagst, idealerweise sollten Plugins modular sein). Aber das testen wir derzeit nicht rigoros, also kann ich keine 100%ige Garantie dafür geben.