Gracias a @thoka y @pfaffman por su tiempo y sus respuestas.
Desde entonces he realizado la restauración de git.
Como Jay señaló que la gente generalmente ya no usa certificados personalizados, supongo que en este momento tampoco veo una necesidad apremiante para ello.
Hice otro ./launcher rebuild app y el lanzador se ejecutó sin problemas.
Como aparte, simplemente ingresé la plantilla de cloudflare en la parte inferior de app.yml como se indicó, pero el lanzador arrojó un error de sintaxis. Lo eliminé y todo está bien. Nunca experimenté un problema al usar Cloudflare sin la plantilla de cloudflare, así que seguiré adelante.