@thoka様、@pfaffman様、お時間とご回答をいただきありがとうございます。
その後、git restoreを実行しました。
Jay氏が指摘したように、現在ではカスタム証明書を使用する人はほとんどいないため、私も現時点ではその必要性を強く感じていません。
再度./launcher rebuild appを実行したところ、ランチャーは問題なく動作しました。
ちなみに、app.ymlの末尾に指示通りCloudflareテンプレートを入力したのですが、ランチャーで構文エラーが発生しました。テンプレートを削除したところ、問題は解決しました。Cloudflareテンプレートを使用しない場合でもCloudflareは問題なく使用できていたので、そのまま使用します。