Obrigado a @thoka e @pfaffman pelo tempo e pelas respostas.
Desde então, realizei o git restore.
Como Jay apontou que as pessoas geralmente não usam mais certificados personalizados, suponho que, neste momento, eu também não vejo uma necessidade urgente para isso.
Executei outro ./launcher rebuild app e o launcher funcionou sem problemas.
Como observação, simplesmente inseri o template do Cloudflare na parte inferior do app.yml conforme instruído, mas o launcher apresentou um erro de sintaxe. Removi-o e tudo ficou bem. Nunca tive um problema usando o Cloudflare sem o template do Cloudflare, então continuarei assim.