Спасибо @thoka и @pfaffman за ваше время и ответы.
Я выполнил команду git restore.
Как указал Джей, люди в целом больше не используют пользовательские сертификаты, поэтому, полагаю, на данный момент я тоже не вижу в этом острой необходимости.
Я снова выполнил ./launcher rebuild app, и лаунчер запустился без проблем.
Кстати, я просто добавил шаблон Cloudflare в конец файла app.yml, как указано в инструкции, но лаунчер выдал ошибку синтаксиса. Я удалил его, и всё заработало. У меня никогда не возникало проблем при использовании Cloudflare без шаблона Cloudflare, поэтому я продолжу работать в таком режиме.