La mayoría de la gente ya no usa certificados personalizados. No estoy seguro de que haya una buena razón para hacer lo que pides, pero puedes ver Allow SSL / HTTPS for your Discourse Docker setup
Creo que solo quieres desactivar la nube naranja, obtener un certificado de Let’s Encrypt y activar la nube naranja. También quieres usar la plantilla de Cloudflare.