A maioria das pessoas não usa mais certificados personalizados. Não tenho certeza se há um bom motivo para fazer o que você está pedindo, mas você pode ver Allow SSL / HTTPS for your Discourse Docker setup
Acho que você só quer desativar a nuvem laranja, obter um certificado lets encrypt e ativar a nuvem laranja. Você também quer usar o template do cloudflare.