Acabei de atualizar para a versão mais recente (2.8.0.beta4) após muitos meses de negligência e parece que minha correção não foi tão sustentável (ou talvez o problema atual não esteja relacionado a essa correção). Estou trabalhando agora para descobrir o que aconteceu e atualizarei aqui assim que souber, mas se o seguinte soar familiar para alguém, por favor, me avise.
Basicamente, o que aconteceu foi o mesmo descrito no OP, exceto que, desta vez, não é o cabeçalho do Discourse cobrindo a barra de navegação superior mas a barra de navegação superior cobrindo o cabeçalho do Discourse . (edição: agora acredito que o cabeçalho não está coberto, mas simplesmente não está sendo renderizado). Quando desativo o tema padrão no modo seguro, ele exibe corretamente.
Estranhamente, porém, quando navego para /admin/customize/themes/11/desktop/scss/edit, tanto o cabeçalho do Discourse quanto a barra de navegação superior são exibidos corretamente (tanto no modo seguro quanto no modo normal). Acredito que a razão pela qual não há diferença entre o modo seguro e o modo normal na página do tema é que o modo seguro não se aplica a algumas páginas de administração. Mas o que não entendo é por que tudo é exibido corretamente nas páginas de administração, mas não em outros lugares.
Outra coisa que não entendo: quando acesso o site no meu celular, ele também é exibido corretamente, mesmo quando solicito explicitamente a versão para desktop…
Vou investigar mais, mas apreciaria qualquer dica aqui.
Edição: Aqui está o que vejo ao inspecionar uma página pública (no modo normal):
E aqui está o que vejo ao inspecionar uma página de administração (no modo normal):
Como você pode ver, minha correção de CSS está presente em ambos os casos, mas apenas a segunda renderiza a página corretamente…