Parece uma bagunça.
Você poderia tentar executar um discourse-doctor para ver se ele dá alguma ideia. Eu tenho algumas, mas sem acesso ao servidor, levaria muito tempo de alguém no meu nível modesto para te ajudar.
Eu provavelmente reinstalaria tudo se estivesse no seu lugar.
1 Backup
cd /var/discourse
./launcher enter app
discourse backup
Recupere o backup via sftp (protocolo sftp, porta 22, host: ip do seu servidor, login: root, senha: senha do root).
Certifique-se de que a pasta uploads esteja no backup. Se não estiver, faça uma cópia local da pasta no seu disco rígido.
2 Excluir, reinstalar seu vps, ou usar outro vps
Use a configuração de instalação do discourse setup, se tudo estiver ok: faça login, carregue e restaure um backup.
(você também pode restaurar o backup da linha de comando, é mais rápido: Restore a backup from the command line)
Se você não tem certeza sobre isso, é melhor esperar por alguém mais qualificado 