Ontem relatei este mesmo bug (não encontrei este tópico). Parece depender da navegação do menu Legado, e já estava presente nas últimas versões do 2.8.
A solução alternativa do botão Dismiss All não parece funcionar se essa for a única notificação restante, pois o botão fica desativado nesse caso. Talvez funcione se houver mais notificações — mas então a pessoa pode estar dispensando coisas que podem ser relevantes.
Como está, os usuários ficarão confusos e/ou frustrados. Os poucos que reclamarem podem ser instruídos a usar o botão, mas isso só funcionará em alguns casos. Isso não deveria ser movido para Bug talvez?