この問題については、以前にも少し話題になりました: Google indexing same page multiple times: Issue with canonicals
これが重要な要因であるとどのように判断できましたか？ここで行われた多くの SEO 投稿はかなり推測に基づいていたため、証拠があれば大いに役立ちます！
このプラグインの経験はなく、個人的に保証することはできませんが、誰かが以前にプラグインで正規リンクを完全に無効にしようと試みました: Remove Canonical Link Plugin