Weil es lediglich Flags zählt, die mit dem Backup mitkommen. Dieser Prozess findet die Probleme nicht tatsächlich.
Idealerweise würdest du zuerst die Flags für fehlende Uploads auf dem alten Server löschen und dann ein neues Backup erstellen.
Du kannst eine Aufgabe ausführen, die die fehlenden Uploads auf dem alten Server auflistet und versucht, sie zu reparieren (das kann eine Weile dauern)
cd /var/discourse
./launcher enter app
VERBOSE=1 rake posts:missing_uploads
und markiere alle verbleibenden als ignoriert, wenn du fortfahren möchtest.
GIVE_UP=1 VERBOSE=1 rake posts:missing_uploads
An dieser Stelle kannst du ein neues Backup erstellen und wiederherstellen.