Porque simplemente está contando las banderas que vinieron con la copia de seguridad. Este no es el proceso que realmente encuentra los problemas.
Idealmente, querrías limpiar primero las banderas de cargas faltantes en el servidor antiguo, y luego hacer una copia de seguridad nueva.
Puedes ejecutar una tarea que enumerará e intentará reparar las cargas faltantes en el servidor antiguo (puede tardar un poco)
cd /var/discourse
./launcher enter app
VERBOSE=1 rake posts:missing_uploads
y marcar cualquier restante como ignorada si quieres continuar
GIVE_UP=1 VERBOSE=1 rake posts:missing_uploads
En ese punto puedes hacer una nueva copia de seguridad y restaurarla.