Потому что оно просто подсчитывает флаги, пришедшие вместе с резервной копией. Этот процесс не занимается поиском проблем.
В идеале сначала следует сбросить флаги отсутствующих загрузок на старом сервере, а затем сделать свежую резервную копию.
Вы можете запустить задачу, которая выведет список отсутствующих загрузок на старом сервере и попытается их восстановить (это может занять некоторое время):
cd /var/discourse
./launcher enter app
VERBOSE=1 rake posts:missing_uploads
Если вы хотите продолжить, пометьте оставшиеся проблемы как игнорируемые:
GIVE_UP=1 VERBOSE=1 rake posts:missing_uploads
После этого вы сможете создать новую резервную копию и восстановить её.