Assumindo que esta é uma instalação padrão e usa /var/discourse em vez de um pacote de terceiros que não podemos suportar aqui, há um problema com o snapshot original ou com a forma como ele foi restaurado. Eu faço isso regularmente e nunca tive uma pasta desaparecer.
De qualquer forma, é uma questão para o suporte da Digital Ocean, pois se relaciona com o seu VPS e o snapshot deles, não com o Discourse.