セルフホスト環境であれば、Rails コンソールから実行できます。ホストされている場合は、サポートにお問い合わせください。
管理一括操作にいくつかのヒントがあるかもしれません。
t=Topic.all.with_deleted.where("deleted_at is not null").where(user_id: 123)
t.update_all(deleted_at: nil, deleted_by_id: nil)
ただし、その後、他のテーブルを更新するために別の処理を実行する必要があると思います。