Ich meinte: Ich habe vorerst eine brandneue Vagrant-Maschine erstellt, ohne irgendwelche vorherigen Backups zu kopieren. Ich habe das Bootstrapping durchgeführt und den Docker-Container gestartet. Dann habe ich das Backup erstellt.
Außerhalb der Docker-Maschine ist in der Vagrant-Maschine nichts zu sehen.
Ich glaube, ich habe das Problem gefunden: Ich habe diesen docker-freigegebenen Ordner in der übergeordneten Vagrant-Maschine eingebunden.
config.vm.synced_folder "discourse/", "/var/discourse"
Wenn ich dies in meiner Vagrantfile auskommentiere, erscheinen die Backups „magisch" wieder.
Das Problem war also, dass der Vagrant-freigegebene Ordner (nach „oben") und der Docker-freigegebene Ordner (nach „unten") konkurrieren und dadurch ungültig werden.