Bueno, por lo general, /var/discourse/shared/standalone/backups es el directorio que es visible en tu contenedor como /var/www/discourse/public/backups (de ahí la palabra shared). Tu comando rsync está guardando la copia de seguridad dentro de ese directorio para hacerla accesible desde dentro del contenedor.
A la inversa, si el contenedor escribe en public/backups, debería ser visible en tu host en el directorio compartido.
Escribí /var/discourse/shared... más arriba. Pero parece que estás trabajando en ~/infra/discourse, por lo que estás copiando a ~/infra/discourse/shared/standalone/backups/default.
Por lo general, el contenedor está mapeado a /var/discourse/shared/...
Esto podría ser el problema. ¿Puedes verificar si tienes un /var/discourse/shared?