Anche a me sembra così. Ho creato una sostituzione per https://www.digitalocean.com/ → https://m.do.co/c/a5bf212d9a92/ e se enable markdown linkify è attivo, non funziona, e se è disattivato, funziona. Quello che vorrei davvero è che riscrivesse il link.
Un componente del tema potrebbe essere un modo per farlo.