Não, estamos executando nosso próprio ambiente, e eu encontrei o culpado.
Estávamos executando várias tarefas rake no mesmo comando (RAILS_ENV=production bundle exec rake db:seed_fu multisite:migrate multisite:seed_fu).
O db:seed_fu estava lá para contornar um bug de 10 anos. Quando eu o executo separadamente, o problema desaparece. E graças ao seu comentário acima, agora eu entendo o que estava acontecendo.