TL;DR: 非正規ページをブロックせず、\u003clink rel=\"canonical\" … \u003e を介して正しいURLに誘導してください。それが本来の用途です。
この機能は、長期的にはSEOのリンク構築に悪影響を与える可能性があります。
トピック内の回答へのすべてのディープリンクが、現在 noindex ページになっています。Google はこれを好むでしょうか？
実際には、トピックURLに常にcanonicalタグを指すようにすれば、X-Robots-Tag: noindex を追加することなく、回答へのディープリンクページに対しても完璧に機能するはずです。
Google は、ディープリンクされた回答ページを最初にクロールした際に、ページURL（トピック内の回答）がcanonical-urlと一致しないことを認識し、canonical-url（トピック）のみをクロールすることを決定します。
このトピック/回答のディープリンクを行うすべてのリンクに 編集：いいえ、Search engines now blocked from indexing non-canonical pages - #9 by j127 を参照してください。\u003ca rel=\"nofollow\" …\u003e を追加してもよいですか？
これにより、検索エンジンの貴重で限られたクロールバジェットをさらに節約できる可能性があります。
検索エンジンは、最初にリンクを抽出せず、URLへの呼び出しも行いません。URLを呼び出すと、X-Robots-Tag: noindex HTTPヘッダーを持つ応答が返され、そのURLが検索エンジンの内部「noindex」リストに追加されることで応答が「破棄」されます。
RSSフィードURLにnofollowを追加することで、さらにクロールバジェットを節約できます。