Obrigado pela resposta, Simon. Estou pensando em quais passos poderia dar para depurar isso mais a fundo. Acredito que talvez precise criar uma nova instância e fazer uma instalação limpa, e aí posso brincar com as opções e ver o que acontece. Neste ponto, nem mesmo tenho certeza se a migração para o armazenamento S3 quebrou algo ou se foi a ativação da mídia segura.
Obviamente, poderia examinar o código-fonte também, mas como se trata de toda uma stack que é bastante desconhecida para mim, parece que isso pode ser um processo mais demorado.